与日本合作多的中国高校？
北京大学，北京协和医学院，清华大学，中国人民大学 都有和日本合作的项目，比如北大的“国际生物医学工程研究中心”就是由北大和中科院、京都大学共同组建的，目的是建设一个世界一流的生物医学工程研究基地；2014年5月，清华和东京大学签署合作协议，双方将在环境科学领域开展一系列研究和合作项目；北京协和医学院则于2013年和东京医科齿科大学签订战略合作协议，进行医疗及人才培养方面的交流。 而人大则有专门的日本研究所，所内研究人员主要承担国家社科基金项目《日俄战争与东亚战略格局》等科研课题，同时出版了《日本问题论文集》（第一辑）。
除了这4所学校外，中日两国在人文学科上交流最为密切的要数复旦大学和上海外国语大学。其中，复旦有“日本文化中心”来推进对中国乃至东亚的研究，而上海外国语大学则有“日本学研究中心”，旨在打造具有一流水平的中国日本研究重镇。
很多学校都在日语教学和研究中与日本有着千丝万缕的联系。 比如南京大学开设了《日语写作与日本文化》，由日本著名作家、早稻田大学教授丸山升担任主讲教师之一；北京师范大学外国语学院设有“日本语言与文化”硕士点和博士点，由王向远教授担任该研究方向导师；东北师范大学外国语学院设立“日本语教育方向”硕士研究生培养专项，并开办了全英文授课的“日语系”。
在本科阶段，有不少学校设立日语专业是配合外交工作而设立的，如外交部所属的国际关系学院就有招收日语一本生的安排。还有的部分学校为配合地方经济发展，对日语专业设置也颇为重视。 如辽宁省人民政府与日本国富山市政府签订了《友好省县协议》，而沈阳师范大学就在2016年设立了首个面向外国学生的日本语教育本科专业，以期通过教学和研究推动两国之间的学术交流。